#FAT32 не вмещает файлы более 4 Гб. Ближайшим обновлением в cl-install-flash появится опция выбора файловой системы. Уже нет смысла использовать по умолчанию FAT32, т.к. cl-install-flash мультизагрузочный и с большими десктопными образами уже не сможет работать.